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R plot绘图:颜色,图例和线

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发表于 2016-9-16 15:32:26 | 显示全部楼层

本篇文章是关于如何在R中使用plot函数来创建图形系列文章的第一篇。当然,R中还有其他的包可以创建很酷的图形(如ggplot2或lattice)。不过plot函数也可以满足我们基本的绘图要求。

在这篇文章,我们可以学习到如何在散点图中添加信息,如何添加图例,最后在图中添加回归线。

模拟数据
  1. #模拟数据
  2. dat<-data.frame(X=runif(100,-2,2),T1=gl(n=4,k=25,labels=c("Small","Medium","Large","Big")),Site=rep(c("Site1","Site2"),time=50))
  3. mm<-model.matrix(~Site+X*T1,dat)
  4. betas<-runif(9,-2,2)
  5. dat$Y<-rnorm(100,mm%*%betas,1)
  6. summary(dat)
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添加颜色

首先,plot函数可以用不同的方式来添加颜色。一种方式是给plot的col参数传递一个颜色向量。

  1. #选择需要使用的颜色
  2. library(RColorBrewer)
  3. #RColorBrewer中的所有调色板
  4. display.brewer.all()
  5. #选取Set1调色板中的四种颜色
  6. cols<-brewer.pal(n=4,name="Set1")
  7. #cols表示的是四种不同颜色的名称
  8. #创建一个跟T1变量的因子水平相对应的颜色向量
  9. cols_t1<-cols[dat$T1]

  10. plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=16)
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更改图形符号

创建图形符号向量,用来标记两种不同的Site。如下所示:


  1. pch_site<-c(16,18)[factor(dat$Site)]
  2. #pch参数用来控制图形符号
  3. plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
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添加图例

现在给图形添加图例:


  1. plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
  2. legend("topright",legend=paste(rep(c("Small","Medium","Large","Big"),times=2),rep(c("Site 1","Site 2"),each=4),sep=", "),col=rep(cols,times=2),pch=rep(c(16,18),each=4),bty="n",ncol=2,cex=0.7,pt.cex=0.7)
复制代码

legend函数的第一个参数指定图例显示在图形中的位置,接着是图例的文本。其它可参数包括指定图例的颜色,图形符号等。更多详情可通过?legend查看。

通过设置xpd=TRUE可以在图形外增加图例。并指定x,y坐标轴。

  1. plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
  2. legend(x=-1,y=13,legend=paste(rep(c("Small","Medium","Large","Big"),times=2),rep(c("Site 1","Site 2"),each=4),sep=", "),col=rep(cols,times=2),pch=rep(c(16,18),each=4),bty="n",ncol=2,cex=0.7,pt.cex=0.7,xpd=TRUE)
复制代码

添加回归线
  1. #generate a new data frame with ordered X values
  2. new_X<-expand.grid(X=seq(-2,2,length=10),T1=c("Small","Medium","Large","Big"),Site=c("Site1","Site2"))
  3. #the model
  4. m<-lm(Y~Site+X*T1,dat)
  5. #get the predicted Y values
  6. pred<-predict(m,new_X)
  7. #plot
  8. xs<-seq(-2,2,length=10)
  9. plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
  10. lines(xs,pred[1:10],col=cols[1],lty=1,lwd=3)
  11. lines(xs,pred[11:20],col=cols[2],lty=1,lwd=3)
  12. lines(xs,pred[21:30],col=cols[3],lty=1,lwd=3)
  13. lines(xs,pred[31:40],col=cols[4],lty=1,lwd=3)
  14. lines(xs,pred[41:50],col=cols[1],lty=2,lwd=3)
  15. lines(xs,pred[51:60],col=cols[2],lty=2,lwd=3)
  16. lines(xs,pred[61:70],col=cols[3],lty=2,lwd=3)
  17. lines(xs,pred[71:80],col=cols[4],lty=2,lwd=3)
  18. legend(x=-1,y=13,legend=paste(rep(c("Small","Medium","Large","Big"),times=2),rep(c("Site 1","Site 2"),each=4),sep=", "),col=rep(cols,times=2),pch=rep(c(16,18),each=4),lwd=1,lty=rep(c(1,2),each=4),bty="n",ncol=2,cex=0.7,pt.cex=0.7,xpd=TRUE)
复制代码

还可以在绘图区域添加许多图形元素,例如:points,lines,rect,text。

后面的文章会继续介绍如何控制轴标签和刻度线。

本文由雪晴数据网负责翻译整理,原文请参考Mastering R Plot – Part 1: colors, legends and lines作者Lione Hertzog。转载本译文请注明链接http://www.xueqing.tv/cms/article/117



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